晓组织经历过两代首领，最初由弥彦领导的晓，目标是不依靠极端武力为雨隐村带来和平。而随着弥彦死亡，长门接替他成为了晓的首领。此时的他意识到以前所找到的答案根本一文不值，并决定让这个世界感受痛苦，并利用人类对于痛苦的恐惧遏制战争，晓组织也因此偏离了它的初衷。佩恩也因此而生，而弥彦则作为佩恩「天道」进行战斗。
为了获得足以制约忍界各国的力量、制造尾兽兵器，由各大忍村出逃的S级叛忍组成的晓，开始了两人一组寻找尾兽人柱力的行动。由长门控制的佩恩，便和小南是同一组。
在原作中，佩恩六道闪击木叶的场景至今仍然令豚豚印象深刻。可以控制引力的佩恩「天道」，以绝对的实力碾压一众木叶忍者，就连使出万花筒写轮眼的旗木卡卡西也败于他的手中。随后在面对因雏田受伤而暴走的尾兽化鸣人，一招地爆天星也是让其未有还手之力。这一招式，也被还原为游戏中佩恩「天道」的奥义技能。
虽然大多数成员直到死亡，还在为晓组织效力，但也不乏例外。例如曾经加入晓的大蛇丸，在一开始便以获得佩恩的轮回眼为目的。而随着宇智波鼬的加入，他将目标转变为夺取宇智波鼬的身体进行转生，以获取写轮眼的力量。但是无论是佩恩还是鼬，大蛇丸都无法战胜。最终，他也因为和长门的目标不同，离开了晓。
此时的大蛇丸还沉溺于对于禁术的研究，轮回转生之术也尚未完成。但是变换成白蛇形态的他，还是让敌人不容小觑。在游戏中，忍者大蛇丸「晓」 的普通技能白鳞大蛇也拥有多种形态变化，是实战中的核心技能。
在属于晓组织的诸多忍者中，宇智波鼬的存在是特殊的。他即是木叶的叛逃忍者，也是潜伏在晓组织中的木叶间谍。
在鼬完成了灭族的任务后，便无法继续留在木叶。他以叛忍的身份，在外收集对木叶不利的情报。而随着晓组织的不断壮大，他也听从了带土的建议，加入其中。
在最初，他的搭档是忍刀七人众之一的枇杷十藏，在一次与四代目水影矢仓的交锋中，枇杷十藏为了保护鼬而受了重伤。鼬随即使出天照，将尾兽化的矢仓击败。但是最终，枇杷十藏还是因为伤势过重而身亡。自那以后，鼬便独自一人执行任务，期间便发生了前面所说的大蛇丸想要夺取他身体的故事。
后来，鼬迎来了他的新搭档——同为忍刀七人众的干柿鬼鲛。他们也接到了全新的任务，那便是捕捉九尾，这也是他们两人出现在木叶村的原因。
当时的战斗，也是豚豚在原作中第一次了解这对搭档的实力，其中鼬在面对卡卡西时，一记幻术月读便令其失去了战斗力。具有如此威力的幻术，在此之前，豚豚可是想都不敢想。而来到游戏中，这一招式也被还原为忍者宇智波鼬的奥义技能。
